Como baixar e usar a ferramenta Blastdb Alias
Se você é um pesquisador de bioinformática ou um usuário do BLAST, pode ter encontrado situações em que precisa pesquisar vários bancos de dados juntos ou pesquisar um subconjunto específico de sequências em um banco de dados existente. Para esses tipos de pesquisas, uma maneira conveniente de conduzi-las é criando um banco de dados BLAST virtual. Um banco de dados BLAST virtual é uma coleção de sequências que não são armazenadas fisicamente em um único arquivo, mas são referenciadas por um arquivo de alias que aponta para os bancos de dados originais ou arquivos de sequência. Dessa forma, você pode economizar espaço em disco e tempo evitando duplicar ou dividir grandes bancos de dados.
Uma ferramenta que pode ajudá-lo a criar e gerenciar bancos de dados BLAST virtuais é o blastdb_aliastool, que faz parte do conjunto BLAST+ de aplicativos de linha de comando desenvolvidos pelo National Center for Biotechnology Information (NCBI). Neste artigo, mostraremos como baixar e usar o blastdb_aliastool para executar várias tarefas relacionadas aos bancos de dados virtuais do BLAST.
download blastdb alias tool
O que é a ferramenta Blastdb Alias?
Uma ferramenta para criar bancos de dados BLAST virtuais
Blastdb_aliastool é uma ferramenta de linha de comando que pode criar e manipular arquivos de alias para bancos de dados BLAST virtuais. Um arquivo de alias é um arquivo de texto que contém informações sobre o nome, título, tipo e localização dos bancos de dados originais ou arquivos de sequência que compõem o banco de dados virtual. Um arquivo de alias também pode conter critérios de filtragem, como GIs (IDs numéricos) ou acessos que limitam a pesquisa a um subconjunto de sequências nos bancos de dados originais. Um arquivo de alias tem uma extensão .nal para bancos de dados de nucleotídeos ou .pal para bancos de dados de proteínas.
Os tipos de tarefas que pode executar
Blastdb_aliastool pode executar três tipos de tarefas para auxiliar na criação e gerenciamento de bancos de dados BLAST virtuais:
Ele pode criar um arquivo de alias para combinar pesquisas de diferentes bancos de dados de forma transparente.Por exemplo, você pode criar um arquivo de alias que combina dois bancos de dados de nucleotídeos nematóides em um banco de dados virtual.
Ele pode criar um arquivo de alias que limita uma pesquisa com base em uma lista de IGs ou acessos. Por exemplo, você pode criar um arquivo de alias que limite a pesquisa a um subconjunto de RefSeq mRNAs de C. elegans dentro de um banco de dados maior de mRNA de nematoides.
Ele pode converter uma lista de GIs ou acessos para um formato binário mais eficiente que melhora o desempenho da pesquisa. Por exemplo, você pode converter uma lista de acessos em um formato binário que contém apenas acessos no banco de dados SwissProt.
Como baixar a ferramenta Blastdb Alias?
Baixando executáveis BLAST+
O Blastdb_aliastool está incluído no conjunto BLAST+ de aplicativos de linha de comando, que estão disponíveis gratuitamente em .
Baixando bancos de dados NCBI BLAST
Se você quiser usar blastdb_aliastool com bancos de dados NCBI BLAST, você precisa baixá-los de Como usar a ferramenta Blastdb Alias?
Criando um arquivo de alias para combinar vários bancos de dados
Para criar um arquivo de alias que combine vários bancos de dados, você precisa usar a opção -dblist do blastdb_aliastool. A opção -dblist usa uma lista separada por espaços de nomes ou caminhos de bancos de dados como um argumento. Você também precisa especificar o nome e o título do arquivo de alias usando as opções -db e -title, respectivamente. Você também precisa indicar o tipo de banco de dados usando a opção -dbtype, que pode ser nucl para nucleotídeo ou prot para proteína.Por exemplo, para criar um arquivo de alias que combine dois bancos de dados de nucleotídeos nematóides, ncbi_nematode e wormbase_nematode, em um banco de dados virtual chamado nematode, você pode usar o seguinte comando:
blastdb_aliastool -dblist "ncbi_nematode wormbase_nematode" -db nematode -title "Banco de dados de nucleotídeos de nematode" -dbtype nucl
Este comando criará dois arquivos: nematode.nal e nematode.nhr. O arquivo nematode.nal é o arquivo alias que contém as informações sobre os bancos de dados originais e o banco de dados virtual. O arquivo nematode.nhr é um arquivo de cabeçalho necessário para pesquisas BLAST. Você pode usar o nome do banco de dados virtual, nematode, como um argumento para a opção -db de qualquer aplicativo BLAST+.
Criando um arquivo de alias para limitar uma pesquisa por IGs ou acessos
Para criar um arquivo de alias que limite uma pesquisa por GIs ou acessos, você precisa usar as opções -gilist ou -seqidlist do blastdb_aliastool. A opção -gilist usa um arquivo de texto que contém uma lista de GIs, um por linha, como argumento. A opção -seqidlist usa um arquivo de texto que contém uma lista de acessos, um por linha, como um argumento. Você também precisa especificar o nome e o título do arquivo de alias usando as opções -db e -title, respectivamente. Você também precisa indicar o tipo de banco de dados usando a opção -dbtype, que pode ser nucl para nucleotídeo ou prot para proteína. Você também precisa fornecer o nome ou caminho do banco de dados original que contém as sequências usando a opção -dblist. Por exemplo, para criar um arquivo de alias que limita a pesquisa a um subconjunto de RefSeq mRNAs de C. elegans dentro de um banco de dados de mRNA de nematóide maior chamado ncbi_nematode_mrna, você pode usar o seguinte comando:
blastdb_aliastool -seqidlist c_elegans_refseq_mrna.txt -db c_elegans_refseq_mrna -title "C. elegans RefSeq mRNA subconjunto" -dbtype nucl -dblist ncbi_nematode_mrna
Este comando criará dois arquivos: c_elegans_refseq_mrna.nal e c_elegans_refseq_mrna.nhr.O arquivo c_elegans_refseq_mrna.nal é o arquivo alias que contém as informações sobre o banco de dados original e os critérios de filtragem. O arquivo c_elegans_refseq_mrna.nhr é um arquivo de cabeçalho necessário para procuras BLAST. Você pode usar o nome do banco de dados virtual, c_elegans_refseq_mrna, como um argumento para a opção -db de qualquer aplicativo BLAST+.
Convertendo uma IG ou lista de acesso para formato binário
Para converter um GI ou lista de acesso para o formato binário, você precisa usar a opção -bin do blastdb_aliastool. A opção -bin usa um arquivo de texto que contém uma lista de GIs ou acessos, um por linha, como um argumento. Você também precisa especificar o nome do arquivo binário de saída usando a opção -out. Você também precisa indicar se a lista de entrada contém GIs ou acessos usando a opção -input_type, que pode ser gi ou acc. Por exemplo, para converter uma lista de acessos em swissprot_accessions.txt para o formato binário em swissprot_accessions.bin, você pode usar o seguinte comando:
blastdb_aliastool -bin swissprot_accessions.txt -out swissprot_accessions.bin -input_type acc
Este comando criará um arquivo: swissprot_accessions.bin. Este arquivo é uma representação binária dos acessos em swissprot_accessions.txt que contém apenas acessos no banco de dados SwissProt. Este arquivo pode ser usado como um argumento para a opção -seqidlist de blastdb_aliastool ou qualquer aplicativo BLAST+.
Vantagens da ferramenta Blastdb Alias
Salvando disco Economizando espaço em disco e tempo
Uma das principais vantagens do blastdb_aliastool é que ele pode ajudar a economizar espaço em disco e tempo criando bancos de dados BLAST virtuais. Ao usar arquivos de alias, você pode evitar copiar ou dividir bancos de dados grandes, o que pode ocupar muito espaço e tempo em disco. Em vez disso, você pode fazer referência aos bancos de dados originais ou arquivos de sequência usando os arquivos de alias, que são muito menores e mais rápidos de criar. Dessa forma, você também pode manter seus bancos de dados atualizados sem precisar recriar os arquivos de alias todas as vezes.
Personalizando pesquisas e bancos de dados
Outra vantagem do blastdb_aliastool é que ele pode ajudá-lo a personalizar suas pesquisas e bancos de dados de acordo com suas necessidades. Ao usar arquivos de alias, você pode combinar diferentes bancos de dados em um banco de dados virtual, o que pode ser útil para pesquisar vários organismos ou grupos taxonômicos de uma só vez. Você também pode limitar sua pesquisa a um subconjunto de sequências em um banco de dados, o que pode ser útil para pesquisar genes ou proteínas específicas de interesse. Você também pode criar seus próprios bancos de dados personalizados a partir de arquivos de sequência usando arquivos de alias, o que pode ser útil para pesquisar sequências novas ou não publicadas.
Melhorando a eficiência e o desempenho da pesquisa
Uma terceira vantagem do blastdb_aliastool é que ele pode ajudá-lo a melhorar a eficiência e o desempenho de sua pesquisa, convertendo GI ou listas de acesso em formato binário. Ao usar o formato binário, você pode reduzir o tamanho e a complexidade dos critérios de filtragem, o que pode acelerar o processo de pesquisa e reduzir o uso de memória. Você também pode garantir que seus critérios de filtragem contenham apenas IGs ou acessos válidos no banco de dados, o que pode evitar erros ou inconsistências nos resultados da pesquisa.
Conclusão
Blastdb_aliastool é uma ferramenta poderosa e versátil que pode ajudá-lo a criar e gerenciar bancos de dados BLAST virtuais. Ao usar o blastdb_aliastool, você pode economizar espaço e tempo em disco, personalizar suas pesquisas e bancos de dados e melhorar a eficiência e o desempenho de sua pesquisa. Blastdb_aliastool faz parte do conjunto BLAST+ de aplicativos de linha de comando, que estão disponíveis gratuitamente no NCBI. Para saber mais sobre blastdb_aliastool e outras ferramentas BLAST+, visite o .
perguntas frequentes
O que é um banco de dados BLAST virtual?
Um banco de dados BLAST virtual é uma coleção de sequências que não são armazenadas fisicamente em um único arquivo, mas são referenciadas por um arquivo de alias que aponta para os bancos de dados originais ou arquivos de sequência.
O que é um arquivo de alias?
Um arquivo de alias é um arquivo de texto que contém informações sobre o nome, título, tipo e localização dos bancos de dados originais ou arquivos de sequência que compõem o banco de dados virtual. Um arquivo de alias também pode conter critérios de filtragem, como GIs ou acessos, que limitam a pesquisa a um subconjunto de sequências nos bancos de dados originais.
Como faço para criar um arquivo de alias?
Você pode usar blastdb_aliastool para criar um arquivo de alias especificando a opção -dblist com uma lista de nomes ou caminhos do banco de dados, as opções -db e -title com o nome e o título do arquivo de alias e a opção -dbtype com o tipo do banco de dados (nucl ou prot). Você também pode usar as opções -gilist ou -seqidlist com uma lista de IGs ou acessos para limitar a pesquisa por critérios de filtragem.
Como faço para usar um arquivo de alias?
Você pode usar um arquivo de alias como um argumento para a opção -db de qualquer aplicativo BLAST+. Por exemplo, se você tiver um arquivo de alias chamado nematode.nal que combine dois bancos de dados de nucleotídeos de nematóides, poderá usá-lo da seguinte maneira:
blastn -query query.fasta -db nematóide
Como faço para converter uma IG ou lista de acesso para o formato binário?
Você pode usar blastdb_aliastool para converter um GI ou lista de acessos em formato binário especificando a opção -bin com um arquivo de texto que contém uma lista de GIs ou acessos, um por linha, a opção -out com o nome do arquivo binário de saída e a opção -input_type com gi ou acc. 0517a86e26
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